長年の風雨にさらされ、茅葺の屋根が傷んだ為、町内の寄付で平成 15 年に屋根替え落慶法要しました。屋根替えに併せて犬走りの整備と腰の補強、無くなっていた板戸の新調も行いました。
清水薬師堂は元々『ゆう心』向いの薬師谷にあったものを、清水寺が清水町に管理を委託し、清水入口の現在の場所に移したものと伝え聞いております。屋根裏から出てきた棟札によると享保年間の建立で、移転は明治 11 年とされています。
屋根の軒は吹き寄せまだら垂木 (たるき) と呼ばれる珍しい組み方が施されており、文化財的な価値も高いと評価され、文化財への登録を申請中です。薬師堂の向かいには南北朝時代の南朝の忠臣児島高徳の墓と伝えられる五輪塔 (正平塚) があります。